Menyusul akan tingkahnya yang dianggap aneh itu, beberapa waktu kemudian Frans Kaisiepo menulis surat yang ditujukan kepada saudaranya Williem Kaisiepo di Biak. Isi surat itu meminta kepada adiknya tersebut supaya rumahnya yang di Biak agar dibersihkan sebab beberapa bulan lagi atau medio April ia akan datang dengan tamu yang banyak.
Demikian rupanya ketentuan Pencipta setiap mahluk yang bernyawa akan merasakan mati, tidak ada terkecuali. Dan begitu juga halnya bagi Frans Kaisiepo sebagai manusia, telah diciptakan Tuhan kemudian menjalankan tugas hidupnya, dan pada 10 April 1979 dalam usia 58 tahun ia dipanggil Sang Pencipta dari rumah kediamannya di bilangan Rawangun Jakarta Timur. Ia meninggal kerena serangan Jantung.
Meninggalnya Frans Kaisiepo sedikit timbul perselisihan pendapat dalam keluarga yaitu tentang tempat pemakaman. Dari pihak pertama yaitu anak dari istri yang sudah almarhumah menginginkan supaya Frans Kaisiepo dimakamkan di samping makam Ibunya dengan alasan yang logis, karena kelak apabila akan ziarah akan dapat sekaligus melihat makam ayah dan ibu. Sementara dari pihak lain, Maria Magdalena Morrwahyuni istri setia yang menemani sampai akhir hayatnya menginginkan sesuai dengan pesan Frans Kaisiepo agar ia dimakamkan di Biak, sedangkan dari pihak Pemerintah sesuai dengan jalurnya supaya Frans Kaisiepo dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Cenrawasih Biak. Akan tetapi kesemua dibatalkan oleh permintaan Frans Kaisiepo lewat istrinya, maka akhirnya ia diterbangkan dari Jakarta ke Biak dan dimakamkan di depan Taman Makam Pahlawan Cenrawasih di Biak.
Pada saat jenazah tiba dan disemayamkan di rumah Frans Kaisiepo di Biak timbullah sedikit kesalah fahaman antara Nyonya Maria Magdalena Moorwahyuni Frans Kaisiepo dengan Williem Kaisiepo, Adik iparnya, sehingga sedikit mempengaruhi suasan, karena di dalam suasana yang sedang berduka itu Williem Kaisiepo, adik Frans Kaisiepo dengan tidak berlasan kuat telah menuduh bahwa meninggalnya Frans Kaisiepo adalah karena diracuni oleh kakak iparnya, Maria Magdalena Moorwahyuni. Tindakan Williem bagaikan
